El Departamento de Computación cuenta con una asignación presupuestal anual para investigación (otorgada por el Cinvestav con base en productividad) de aproximadamente $2.2 millones de pesos para gasto corriente y para pago de servicios (partidas 2000 y 3000). Adicionalmente, se recibe una asignación anual de entre $150,000 y $200,000 pesos para gasto de inversión (partida 5000). Estos montos no incluyen salarios.
El presupuesto anual del departamento se reparte entre sus 15 investigadores, con base en cuatro elementos: (1) productividad científica (artículos, patentes, libros, etc.), (2) nivel en el Sistema Nacional de Investigadores, (3) estudiantes graduados (maestría y doctorado) y (4) ingresos propios (proyectos de CONACyT o de cualquier otro tipo que hayan ingresado dinero al departamento).
Por otra parte, el Laboratorio de Tecnologías de Información tiene también una asignación presupuestal anual para gasto de operación e investigación que varía de 4 a 5 millones de pesos anuales, sin incluir salarios de los investigadores. Desde 2007, la sede Tamaulipas no recibe asignación para gasto de inversión por parte de los recursos fiscales de Cinvestav. Del presupuesto asignado para operación, la dependencia debe pagar todos los servicios requeridos para su operación como son agua, luz, teléfono, telecomunicaciones, mantenimiento de instalaciones y equipo, y servicios de vigilancia, limpieza y seguros institucionales, salarios al personal de apoyo. Por tal razón, el presupuesto disponible para investigación se ve reducido.
