La selección de los cursos que se incorpora a un programa doctoral específico busca para el estudiante una formación con los conocimientos esenciales de ciencias de la computación, con la mayor amplitud posible en las diferentes áreas que la conforman, y con la mayor profundidad posible en las áreas relacionadas con el tema de investigación del estudiante y sus intereses específicos de desarrollo profesional.
En cada programa doctoral se debe incluir la acreditación de al menos 4 cursos los cuáles se seleccionan con base al proyecto de investigación propuesto, a las recomendaciones del comité de admisión y a la formación académica y experiencia de cada estudiante. Es posible que para algún proyecto doctoral específico se considere la acreditación de más de cuatro cursos.
Los cursos que se recomienda normalmente son cursos especializados, aunque en ocasiones se pueden sugerir cursos formativos. En situaciones excepcionales se pide que se tomen cursos del núcleo de conocimientos básicos los cuales se ofrecen todos al menos una vez por año. Los cursos formativos proporcionan amplitud de conocimientos, y los de especialización proporcionan profundidad en alguna línea de investigación. Los cursos formativos y de especialización se presentan por línea de investigación. Se pueden tomar cursos ofrecidos en otra Sede del programa los cuales se envían por videoconferencia cuando se cumplen los requerimientos establecidos por el colegio de profesores de cada dependencia académica. Se pueden tomar incluso cursos que son externos al programa.
No todos los cursos se ofrecen en el mismo año escolar, excepto por los cursos del núcleo. Los cursos se abren dependiendo de la disponibilidad de los profesores y de la demanda de los estudiantes.
