Departamento de Computación

Presentamos el diseño e implementación de una plataforma Web que simplifica el proceso de ejecución de experimentos in silico en el cluster de cómputo del Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad. Con esto se busca mejorar la experiencia de los usuarios para así aprovechar de mejor manera los recursos de cómputo de alto rendimiento del laboratorio. Los programas que serán ejecutados en el cluster se definen de una manera sencilla mediante objetos YAML, a partir de los cuales los usuarios podrán definir experimentos mediante formularios HTML y diagramas de flujo construidos con gráficos SVG. Se utilizó una arquitectura orientada a servicios, la cual ofrece parte de la funcionalidad de la plataforma a través de una interfaz REST. El resultado de este trabajo es la reducción del tiempo y complejidad relacionados con la ejecución de experimentos in silico para los investigadores del laboratorio.

Abstract

We present the design and implementation of a Web platform aimed at simplifying the execution of in silico experiments in the computer cluster of the National Laboratory of Genomics for Biodiversity. Our aim is to improve the users experience and consequently to improve the use of high performance computing resources in this institution. The programs to be run on the cluster are easily described through YAML objects and from these, users can define experiments using HTML forms and workflows drawn with Scalable Vector Graphics. A service oriented architecture was used, allowing part of the platform's functionality to be reused through a REST application programming interface. A reduction in the time and complexity required for the execution of in silico experiments in this laboratory was achieved as a result of this work.